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生信小白学习系列:如何进行基因组组装?(1)
1、重叠序列相连 简单来说这种算法就是将所有的reads拿出来,相互比对,找到重叠的reads,然后构建长的连续的contigs,最后再将contigs组在一起形成scaffolds。
2、这时,只要把biopython从78降到77就可以了 命令:conda install -y -c conda-forge biopython=77 就可以覆盖安装了,而且神奇的是安装完就可以使用了,输入 busco -h 不会报错。
3、建立基础知识:先学习生物学、计算机科学和统计学的基础知识,掌握常用的生物学术语和基本的编程概念。可以参考一些经典教材如《生物信息学导论》、《R语言实战》等。
Linux文本操作常用命令
1、以下是一些常用的Linux命令,可以用于管理文件、目录、进程等:ls:列出当前目录下的文件和目录。cd:切换当前工作目录。pwd:显示当前工作目录的路径。mkdir:创建一个新的目录。rmdir:删除一个空目录。
2、Linux自带有两个文本编辑器:vi和nano。使用nano编辑文件:nano 文件名 点击Ctrl-X可以退出编辑,选择是否保存对文件的改动。使用vi编辑文件:vi 文件名 vi有两个模式:一个是编辑模式一个是命令模式。
3、软件安装的步骤 在LINUX系统上安装软件的步骤有: 查找所要安装软件的源文件 把源文件解开放到一个目录中,命令如下: tar zxvf 源文件名; 针对本操作系统源文件。
4、linux常用命令(基础) man 对你熟悉或不熟悉的命令提供帮助解释 eg:man ls 就可以查看ls相关的用法 注:按q键或者ctrl+c退出,在linux下可以使用ctrl+c终止当前程序运行。
5、ls [-选项] [文件名或者目录名]进入到Linux命令行中后,我们至少要知道当前所处的位置有哪些内容,这些信息就可以使用ls命令来获得。在Linux中,ls命令是最常使用的命令之一,因为在命令行下要随时查看目录内容。
【Linux】生物信息软件安装过程
1、安装软件 A、通常Linux应用软件的安装包有四种:1)tar包,如software-3-tar.gz。他是使用UNIX系统的打包工具tar打包的。2)rpm包,如software-3-i38rpm。
2、dpkg -i package.deb 安装一个 Debian 软件包,如你手动下载的文件。dpkg -c package.deb 列出 package.deb 的内容。dpkg -I package.deb 从 package.deb 中提取包裹信息。
3、yum源配置好以后,我们使用这个yum源来安装一个apache ***d服务器。命令是: yum install ***d -y 然后等待软件安装完毕。可以看到,yum源会自动安装***d软件,同时还会自动安装缺少的依赖文件。
4、安装 bioconda 2 bioconda 安装生物软件 3 切换 conda 环境 默认开通账号之后给定的管理员安装的 bioconda,用户可以使用里面大量的软件。但由于Linux 系统权限的问题,用户无法使用这个 conda 来安装软件。
学习生物信息学,需要配置怎样的电脑呢?
安全柜:这里说的安全柜为生物安全柜,根据国家规范要求,二级生物安全实验室必须配置1台安全柜。这是一种隔离[_a***_],作用是防止实验室内的有害悬浮微粒扩散,能够提供对工作人员、实验样品、实验室内环境的全面保护。
配置建议 (1)处理器:i5-5200U以上,例如i5-6300HQ(高压版性能高,但多用于游戏本)、i5-7500U(建议)。(2)显卡:GT系列以上,例如GT920MX、GT930MX、GT940MX(建议),更高性能的有GTX940M、GTX950M等。
CPU,至少2核。因为你在运行程序时,通常100%占到CPU,如果没有2核,计算机多半会***死在那里。如果有8核,或者以上更好。GPU,很多程序开始使用GPU运算,如果能有好的GPU显卡,也是推荐的,但不是必须的。
首先,如果你只是用来学习和普通办公的话,普通的低价笔记本电脑都是可以的,重点看一下各品牌的质量就行,生物专业用到的软件主要是数据统计及制图方面和生物信息学方面基因序列测算、系统发育树图等等软件。
特地去百度了生物信息学,多用于数据统计。我也是大学生,对电脑市场有些了解,希望可以帮到你。配置建议 (1)处理器:i5-5200U以上,例如i5-6300HQ(高压版性能高,但多用于游戏本)、i5-7500U(建议)。
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